Ekonomickou oprávněnost nákladů určuje Cenový výměr MF ČR, kde je stanoveno, které náklady mohou být do kalkulačního vzorce započítány a které naopak ne. Z nákladů tvoří největší položku odpisy vodohospodářského majetku (případně nájemné placené vlastníkovi majetku), které tvoří cca 40 % všech nákladů. Z těchto nákladů jsou generovány zdroje na obnovu vodovodů a kanalizací. Další významné položky představují opravy a provozní náklady, především spotřeba elektrické energie, laboratorní práce, chemikálie, poplatky za čerpané množství pitné vody či poplatky za vypouštění odpadních vod.
Přiměřený zisk slouží společně s odpisy z velké části ke generování zdrojů na obnovu a rozvoj vodohospodářského majetku. Kontrolu nad dodržováním předepsaných postupů provádí stát prostřednictvím příslušného finančního ředitelství. Mimořádná pozornost je věnována tomu, aby plánovaný a skutečně dosažený zisk byl znovu investován do obnovy, čímž je podstatně snižováno riziko poskytování nekvalitních služeb.
Výslednou výši ceny ovlivňuje celková spotřeba vody. Podle údajů vodárenských společností je spotřeba v ČR na úrovni 90 – 103 l/os./den, což představuje 60 % úrovně z konce 80. let.
V další fázi sehrávají podstatnou roli při určování ceny vodného a stočného vlastníci vodohospodářského majetku, kteří mohou omezit růst ceny a vést provozovatele k dalším úsporným opatřením.